Sea testigo de la formación de la legendaria Sección de Seguridad Pública 9. Cuando una organización clandestina piratea todos los autos en la ciudad, Kusanagi recluta a un equipo letal de ciberopertivos para reprimir el caos y hacer que la ciudad vuelva a estar segura.

La historia comienza en medio de manifestaciones para protestar por la fijación de precios en el comercio de agua. Un evento para celebrar la asociación detenida de la empresa de agua del gobierno de la República de Kuzan con Harimadara Heavy Industries. Aramaki, jefe de Sección 9, cierra tiendas y apaga el tráfico en New Port City. La Sección 9 continúa monitoreando la situación y prepararse para las amenazas terroristas. La policía comienza a disparar a los manifestantes, y la Sección 9 trata de llegar a la fuente que inició el caos. Motoko se mueve más en los tiroteos que comienzan en el evento del representante de la industria del agua de Kuzan, Dr. Zhinzhee Bekka Arr Thied, está dando un discurso. Una voz femenina dice:Fire Starter can't be stopped.

Ghost in the Shell Arise: Alternative Architecture est la version TV de Ghost in the Shell Arise. Il contiendra deux épisodes inédit lié à celle-ci et sera aussi chargé d'introduire le film d'animation qui sortira en été 2015 : Ghost in The Shell The New Movie.

La historia se sitúa en el 2027, un año después del final de la cuarta guerra convencional. New Port City todavía se esta recuperando de las consecuencias de la guerra cuando cae presa de una mina autopropulsada. Debido a esto, un militar conocido por aceptar sobornos del mercado negro fue ejecutado. Batou, un hombre con un "ojo que nunca duerme", sospecha que Kusanagi es la principal sospechosa de dicho atentado. El detective Togusa, miembro de la Comisaría de Niihama investiga la ejecución y la muerte de una prostituta. Primera de las cuatro películas que forman Ghost in the Shell Arise, estrenada en Japón el 22 de junio de 2013.

Haciéndose pasar por los amantes de vacaciones, Motoko y Batou trabajan para tratar de detener una organización terrorista cuyo símbolo es el Scrasath. Mientras tanto, Togusa investiga un asesinato de un hombre que poseía una pierna protésica fabricado por la corporación de la pierna de la sirena.

Osamu Fujimoto es asesor e hijo del primer ministro al que han asesinado. El suceso, bautizado como el mayor acontecimiento desde la guerra, hace que Osamu colabore con la Mayor Kusanagi y la Sección 9, para descubrir la verdad detrás del asesinato.